Nguyễn Phúc Nguyên không chỉ là vị chúa đầu tiên mang họ Nguyễn Phúc, giới nghiên cứu sử học còn cho ông là người đầu tiên tổ chức đội Hoàng Sa nhằm xác lập chủ quyền của nước ta trên các vùng đảo giữa Biển Đông.
Chúa Sãi Nguyễn Phúc (Phước) Nguyên (1563 – 1635) quê gốc làng Gia Miêu, tỉnh Thanh Hóa (nay là xã Hà Long, huyện Hà Trung, tỉnh Thanh Hóa); là vị chúa Nguyễn thứ hai của chính quyền Đàng Trong, sau chúa Tiên Nguyễn Hoàng.
Tương truyền lúc thân mẫu ông mang thai, chiêm bao thấy thần nhân cho tờ giấy trên viết đầy cả chữ “Phúc”. Khi bà kể lại chuyện, mọi người chúc mừng bà và đề nghị đứa bé ra đời nên đặt tên là “Phúc”. Nhưng cho rằng: nếu đặt tên Phúc cho đứa bé thì chỉ mình nó hưởng, chi bằng lấy “Phúc” làm chữ lót thì sẽ có nhiều người trong dòng họ được hưởng hơn. Khi thế tử ra đời, bà đặt tên là Nguyễn Phúc Nguyên. Từ đó, nhánh họ Nguyễn đổi thành Nguyễn Phúc.
Năm 22 tuổi, Thế tử Nguyễn Phúc Nguyên phá tan hai chiến thuyền của Nhật Bản vào đánh phá ở Cửa Việt (tỉnh Quảng Trị). Chúa Tiên vui mừng khen rằng: Con ta thực là anh kiệt. Năm 29 tuổi (1602), Nguyễn Phúc Nguyên được cử vào trấn thủ dinh Quảng Nam.
Năm 1614, sau khi chúa Tiên mất, ông lên ngôi chúa, được vua Lê Kính Tông sắc phong làm trấn thủ hai xứ Thuận Hóa và Quảng Nam, gia hàm Thái bảo, tước Quận công. Sau khi lên ngôi, ông cho sửa thành lũy, đặt quan ải, vỗ về quân dân, trong ngoài ai nấy đều tin phục, gọi ông là Chúa Sãi.
Không chỉ giỏi tài trị nước, ông còn là người khiêm cung, biết giữ lễ. Khi nghe Trịnh Tùng chết, các con họ Trịnh tranh giành ngôi thứ, ông bảo các tướng: “Ta muốn nhân cơ hội này nổi nghĩa binh để phò vua Lê, nhưng đánh lúc người có tang là bất nhân, thừa lúc người lâm nguy là bất vũ. Huống chi ta với Trịnh có nghĩa thông gia”. Hào kiệt các nơi nghe vậy, theo về với ông rất đông, trong đó có Đào Duy Từ (1572 - 1634) - một trong những hiền tài hết lòng theo giúp ông rất đắc lực.
Trịnh Tráng, sau nhiều lần đem binh vào đánh Đàng Trong nhưng thất bại, đến năm 1629, lại muốn xâm lược miền Nam bèn sai sứ mang sắc phong vào để có cớ tiến quân. Đào Duy Từ khuyên ông rằng: “Đây là họ Trịnh mượn sắc lệnh vua Lê để nhử ta... Chi bằng hãy tạm nhận cho họ không ngờ để ta lo việc phòng thủ rồi sau dùng kế trả lại sắc, bấy giờ họ không làm gì ta được nữa”.
Năm 1630, theo kế của Đào Duy Từ, ông cho làm mâm hai đáy trả lại sắc cho vua Lê, đưa quân chiếm đóng phía Nam sông Linh Giang (sông Gianh), gấp rút xây lũy Trường Dục (lũy Thầy) tạo thành một thế vững chắc cho xứ Đàng Trong.
Ông dùng người Bồ Đào Nha để huấn luyện quân sĩ, dựng lò đúc súng ở Thuận Hóa, giao hiếu với Cao Miên (Campuchia ngày nay) bằng cách gả công chúa Ngọc Vạn cho vua Miên, nhờ đó dân chúng được di cư dần vào miền Nam.
Ông được xem là vị chúa đầu tiên xây dựng cơ nghiệp nhà Nguyễn với một ý chí cương quyết, tạo nên một xứ Đàng Trong độc lập tự chủ. Ông cũng là người đầu tiên tổ chức đội Hoàng Sa nhằm xác lập chủ quyền trên các vùng đảo giữa Biển Đông, như khẳng định của GS.TS Nguyễn Quang Ngọc (Viện Việt Nam học và Khoa học phát triển) trong tham luận tại Hội thảo về Chúa Nguyễn và vương triều Nguyễn trong Lịch sử Việt Nam diễn ra trong hai ngày 18 và 19-10-2008:
“Có đủ cơ sở để khẳng định đội Hoàng Sa xuất hiện lần đầu tiên vào thời kỳ chúa Nguyễn Phúc Nguyên hay chúa Nguyễn Phúc Nguyên chính là người đã sáng tạo ra một hình thức khai chiếm, xác lập và thực thi chủ quyền trên các vùng quần đảo giữa Biển Đông hết sức độc đáo là đội Hoàng Sa.
Chủ quyền của Việt Nam ở Hoàng Sa và Trường Sa là một trong những trang đẹp nhất, bi hùng nhất của lịch sử hàng nghìn năm dựng nước và giữ nước của dân tộc Việt Nam mà chúa Nguyễn Phúc Nguyên là vị chúa mở đầu, khai sáng”.
Đà Nẵng đặt tên ông cho con đường dài 2,15km (ảnh), rộng 5,5m và 7,5m, từ đường Điện Biên Phủ đến đường Trường Chinh, thuộc địa bàn phường An Khê, quận Thanh Khê, theo Nghị quyết HĐND thành phố khóa VI, ngày 12-1-2002, về đặt, đổi tên đường ở Đà Nẵng.
LÊ GIA LỘC