Ba dự án nằm trong diện kiểm tra gồm: Dự án Hiện đại hóa thông tin tín hiệu đường sắt các tuyến Hà Nội - Lào Cai, Hà Nội - Đồng Đăng, Hà Nội - Thái Nguyên và Khu đầu mối Hà Nội, nguồn vốn vay ODA Trung Quốc (Dự án 3+1); Dự án Hiện đại hóa thông tin tín hiệu đường sắt đoạn Vinh - Sài Gòn, tuyến đường sắt Thống Nhất, giai đoạn 1 nguồn vốn vay ODA Trung Quốc (VSG) và Dự án Hệ thống thông tin tín hiệu đường sắt đoạn Hà Nội - Vinh, nguồn vốn vay ODA Pháp (HNV - Giai đoạn 2).
Theo kết luận, cả 3 dự án này đều thực hiện chậm. Dự án 3+1 chậm 6 năm. Dự án VSG chậm 7 năm và dự án HNV - Giai đoạn 2 chậm 4 năm. Đến thời điểm báo cáo (khoảng tháng 7-2014), dù khối lượng còn lại không nhiều nhưng đều là những phần việc đòi hỏi tính chuyên gia cao.
Trước đó, hồi giữa tháng 5, Dự án 3+1 có 9 nhân sự, dự án VSG có 20 nhân sự Trung Quốc rút về nước. Phải đến cuối tháng 6, tổng thầu EPC mới huy động nhân sự trở lại.
Ngoài tiến độ rất chậm, kết luận của Bộ GTVT cũng nêu rõ, công tác lập, thẩm định, phê duyệt tổng mức đầu tư điều chỉnh các dự án này cao hơn gần gấp 2 lần so với thực tế. Hệ thống điện khí tập trung áp dụng đối với thiết bị liên khóa tại 3 dự án không đồng bộ công nghệ. Việc khảo sát, thiết kế hệ thống tổng đài chưa sát thực tế...
Riêng việc điều chỉnh tổng mức đầu tư cao gấp gần hai lần đã gây ảnh hưởng rất lớn đến hiệu quả dự án, không tận dụng được hết nguồn vốn vay ưu đãi, cắt giảm nhiều hạng mục đầu tư, kéo dài thời gian dự án do phải đàm phán ký lại Hiệp định vay vốn.
Thứ trưởng Nguyễn Ngọc Đông nghiêm khắc phê bình lãnh đạo VNR, Ban Chuẩn bị đầu tư, Ban Quản lý dự án đường sắt (RPMU); Cảnh cáo Công ty Tư vấn đầu tư và xây dựng GTVT (TRICC), trừ điểm trong đánh giá xếp hạng. Bộ GTVT cũng trừ điểm trong đánh giá xếp hạng và đăng tải các vi phạm trên trang web của Bộ GTVT và trang thông tin điện tử về đấu thầu đối với Công ty Cổ phần hữu hạn Viễn thông Trung Hưng Trung Quốc (ZTE), Công ty HH Tập đoàn Cục 6 Đường sắt Trung Quốc (CRSG).
Thứ trưởng Nguyễn Ngọc Đông cũng yêu cầu VNR thu hồi kinh phí khảo sát thiết kế, lập tổng mức đầu tư điều chỉnh dự án tổng số tiền gần 460 triệu đồng tương ứng với giá trị lập tổng mức đầu tư sai.
